目前多数研究者认为，抗生素的使用破坏了肠道正常菌群，是引起腹泻最主要的病因。抗生素会破坏肠道正常菌群，引起肠道菌群失调。
Ⅰ度失调是抗生素抑制或杀灭一部分细菌，而促进了另一部分细菌的生长，这就造成了某些部位的正常菌群在组成上和数量上的异常变化或移位，在诱发原因去掉后可逆转为正常比例;
Ⅱ度失调是不可逆的比例失调，在Ⅰ度失调基础上菌群由生理波动转为病理波动;
Ⅲ度失调表现为原来的正常菌群大部份被抑制，只有少数机会菌逐渐成为优势状态。肠道菌群紊乱时益生菌数量明显下降，条件致病菌数量异常增多，肠道粘膜屏障损伤，消化吸收代谢受到影响，从而导致抗生素相关性腹泻。
临床上在幽门螺杆菌根治治疗过程的同时，服用一定剂量的丁酸梭菌制剂，结果在治疗组未发现腹泻的情况，亦没有检测到艰难梭菌毒素A。丁酸梭菌制剂治疗慢性末端回肠炎疗效显著(有效率97.5%)，大便性状、腹部疼痛、肠鸣音得到明显改善，其机理是TOLL-样受体-4能够识别丁酸梭菌导致IL-10的分泌，而IL-10在抵消机体过度免疫应答方面起重要作用，丁酸梭菌产生的丁酸能加强肠黏膜的能量、营养代谢，抑制炎症因子的过度表达，修复胃黏膜，提高机体免疫。
抗生素的使用，肠道生理性细菌明显减少，使多糖发酵成短链脂肪酸减少，未经发酵的多糖不易被吸收，滞留于肠道而引起渗透性腹泻;抗生素应用后使具有去羟基作用的细菌数量减少，特别是具有7 -去羟基功能的细菌数量很低时，致使 -脱氧胆酸的浓度增加，强烈刺激大肠分泌，常继发分泌性腹泻。
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