在过去的二十年里，我国过于追求肉、蛋的生产量，不重视环境污染带来的危害。近年来，由于日益突出的生态环境问题，中央开始着手环保，畜牧业也面临着非常巨大的压力。
巨晓棠提到，农业包括两个方面，一个是种植业，另一个是养殖业。但无论是种植还是养殖都是一个开放的过程，会不停地往环境中排放氮磷等物质，这些排放的氮磷等物质一旦超过了土地的承载能力就会造成污染，而我国当前存在主要的问题是养分过量使用以及向水体里排放污染源。因此，全国将来畜禽养殖采取种养结合，并足够配套的土地消纳废弃物，是解决当前畜禽污染问题的一种办法。
由于种植业、养殖业在我国是分离的，养殖场土地很少，加上种植业一家一户分散经营，使得畜禽粪便的养分很难循环利用起来。
巨晓棠还提到，由于化肥的普遍应用，我国种植业化肥使用量非常巨大，居世界第一。并且近年来化肥用量还在不断增长。而畜禽粪便却没有得到有效的利用，其中畜禽粪便中，氮的含量相对于化肥含氮量的一半，产生的鳞钾的量则相当于化肥的含鳞钾量，然而畜禽粪便却只有40%还田。
巨晓棠表示种殖业有机肥和无机肥结合起来品质是最好的，而且现在提倡有机肥替代化肥，减少化肥用量。同时有机肥含有有机质和养分，其中有机质还能取到改良土壤，使土壤结构变好的作用。
但目前种植业使用有机肥还存在技术问题。有机肥养分含量是多少？如何计算使用有机肥的使用量？还没有一个明确指导。这是当前养殖业和种植业难以结合的原因之一。
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