猪的系统真菌病是指引起内脏疾病的真菌感染。包括藻菌病、假丝酵母菌病等。临床主要表现食欲不振和消瘦，继而死亡。
根据临床症状和病理变化及流行病学可做出初步诊断。进一步诊断需要分离培养，分离培养最好是在啤酒麦芽汁琼脂上进行，它们的鉴定则可根据其培养形态，盖玻片上马铃薯琼脂培养上的微观形态，以及在加有葡萄糖、半乳糖、麦芽糖、乳糖、棉子糖的蛋白胨水中的酒精发酵实验和在碳生长速度记录试验中对于上述糖类的同化作用来进行，同时还需要进行鉴别诊断。
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