各种年龄的猪都可各种年龄的猪都可发生腹泻，但是发生腹泻的猪主要发生在这三个年龄群：出生后1～3日龄仔猪，7～14日龄仔猪和断奶后年龄的仔猪。新生仔猪腹泻的发病率可能在日益增加，尤其是集中产仔管理的猪场。菌毛抗原疫苗的出现和普遍使用已使新生仔猪腹泻大为减少，个别猪场使用口服同源奶制疫苗，但一般需要两次免疫才能获得满意的预防效果。然而，菌毛疫苗对新生仔猪腹泻不一定有效控制这种年龄的腹泻病常常是比较困难的。
虽然仔猪腹泻的病原是比较多的，而且是比较复杂的，但是最容易感染的病原就是针对某种病原的母源抗体消退时又同时感染的这种病原，当有大量的病原感染超过初乳或乳中抗体免疫控制力时腹泻就会发生。产仔室的温度、湿度、通风和卫生状况等这些环境因素对仔猪腹泻的严重程度和成活率及预防有重大影响。
仔猪腹泻最常见的传染性病原是大肠杆菌、轮状病毒、传染性胃肠炎（TGE）和猪等孢球虫（Isospora suis）线虫（如Sarongyloides ransomi）在美国东南部也常常引起猪腹泻。据报告，美国中东部的许多州也有增加的趋势。据设在Galeburg的伊利诺州诊断室的调查统计在哺乳猪流行的病原有球虫占32%，大肠杆菌21%，TGE病毒20%，轮状病毒10%，产气荚膜梭菌11%，未诊断6%。从同一个猪分离鉴定出的病原常常不止一个。最近几年的观察，发现球虫和产气荚膜梭菌的流行有增加的趋势。
大肠杆菌病
大肠杆菌作为原发性病原在仔猪要比幼年仔猪少见，伊利诺州诊断室对144头发生腹泻的猪作了调查分析，从6日龄到断奶时分离到病原性大肠杆菌比例较少（14%），而1～5日龄仔猪比例较高（53%）。新生仔猪腹泻分离到的大肠杆菌，常常可能是继发性病原。
这些大肠杆菌可能不一定溶血，也不是肠毒性的。Moxley报道了大肠杆菌K88株感染哺乳猪和断奶猪出现内毒血症休克。他认为看到小肠充血就说明肠道感染了溶血性大肠杆菌，这些大肠杆菌菌株表达K88菌毛抗原。用商品菌毛疫苗给母猪免疫接种对预防初生仔猪大肠杆菌并不是非常有效的。
传染性胃肠炎（TGE）
如果养猪生产者的生产计划中每周或每月都持续有母猪产仔而中间没有间歇的话，地方流行性TGE常常就是初生仔猪腹泻的原因。当新生仔猪和3～4周龄的仔猪一起养在一个大的产仔房（50～100个产仔箱）内时，地方流行性TGE最为常见。年龄较大一点的感染猪会排出大量的有致病力的病毒，这些大量的有侵袭力的病毒可突破易感猪的母源抗体的保护力，大约在仔猪一周龄时初乳中IgG抗体水平已下降到一定程度，这时大量的病毒超过了母猪奶中IgG抗体的数量。母猪是部分免疫，因此很少出现临床症状。由于母猪免疫程度不同，在同一产仔房内，腹泻的严重程度也不一样。一窝仔猪腹泻很明显，而产仔箱邻近的另一窝仔猪可能很健康、仔猪在哺乳期内由于从母猪奶中获得免疫力而得到保护，而断奶后就发生腹泻，吃前面乳房奶的仔猪，由于奶汁较多可能不发生腹泻，吃后面乳房奶的仔猪由于奶汁较少获得的保护力较低，就可能腹泻。因此，仔猪发病率和死亡率的变化很大，这要取决于各个母猪从奶汁中提供的乳内免疫力的数量和仔猪感染的年龄。发病率可达50～100%死亡率可在10～30%，这要取决于猪群免疫力水平和环境因素。
轮状病毒
在新生仔猪的最初几周内，几乎所有的仔猪都可被轮状病毒感染，但大多数病例都呈亚临床症状。当持续不断的产仔房内的病毒超过了仔猪的被动免疫保护力时，就会出现感染的临床症状。Benfield报告，对轮状病毒具有免疫力的母猪在产仔前3天和产仔后2周内可经粪便排出病毒。新生仔猪感染轮状病毒后会出现柠檬黄或奶酪样腹泻。年龄较大的仔猪腹泻比较温和，持续时间也比较短。如果仔猪缺乏被动免疫力，病毒增殖足以使6～7日龄的仔猪感染，其临床症状是比较严重的、发病率通常为80～100%，死亡率为5～20%。如果病毒感染的同时继发细菌感染造成的死亡率会大为增加。
球虫病
在6～10日龄的仔猪，被诊断为球菌病的日益增多。较大规模的集约化养猪生产可能增加了球虫病的流行。在7～8月份猪球虫病的发生年可能增加。
感染猪开始抽拉黄褐色至灰色的糊状粪便，一两天后继而变成水样腹泻。腹泻持续4～8天直到严重脱水。在混凝土地板或板条的产仔房内，球虫病发病率可以达100%。在木板地板的产仔房内，发病率也可以比较高，死亡率为0～20%，这要取决于是否同时有继发感染和环境应激因素。
虽然在猪已鉴定出几个球虫种类，但已经知道的对年轻仔猪有致病力的种仅有猪等孢球虫（Isosporn suis）。形成孢子的卵囊被仔猪食入后，释放出孢子虫，大部分渗入空肠和回肠的上皮细胞内，进行无性繁殖。大约（在食入）5天后，进入有性繁殖阶段，卵囊经粪便排出、Harleman和Meyer报道了猪等孢球虫肠道外生活史，卵囊食入后在排出的10～14天可引起第二次高峰。
在流行的猪场，可以预先知道哪一天仔猪要发生腹泻。猪只开始通常不活泼，大部分时间躺在靠近热源的地方，第二天就可发生腹泻。
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